أولا: تسعى الهيئة إلى تنمية وتطوير المؤسسات والكادر العامل فيها من خلال المشاركة في إعداد وتصمم البرامج الإدارية والمالية الفاعلة والشفافة و إعداد دورات تدريبية وورش عمل ومؤتمرات .
ثانيا: العمل على تطوير وتطبيق مبدأ الشفافية في عمل المؤسسات الأهلية من خلال تفعيل الأنظمة والقوانين وتطوير الإشراف على تطبيقها.
ثالثا: تشجيع العمل التطوعي والترويج له والتأكيد على دور المرأة في العمل التطوعي وفي بناء المجتمع وتعزيز الروابط والعلاقات الاجتماعية.
رابعاَ: تعمل الهيئة على الرقي بالعمل الأهلي الفلسطيني وذلك من خلال التنسيق والتشبيك والتعاون والتشاور ما بين مؤسسات القطاع الأهلي وزيادة التفاعل وتبادل المعرفة والخبرات بين المؤسسات الأهلية على مستوى محلي و إقليمي و دولي.
خامساَ: العمل على توفير الدعم المالي لمؤسسات القطاع الأهلي وذلك من خلال بناء علاقة جيدة بين المؤسسات الأهلية والممولين وعقد دورات لتطوير خبرات هذه المؤسسات في كيفية تجنيد الأموال لتنفيذ المشاريع.
سادساَ: العمل على تقوية الثقافة المدينة وتطويرها، وتزويد المؤسسات بدراسات وتحاليل تسهم في تشكيل السياسيات والتشريعات التنموية العامة، وخلق وعي عام حول القضايا اليومية التي توثر في المجتمع الفلسطيني من خلال بناء مجتمع مدني ديمقراطي.
- تطوير هيكلية المؤسسات وخلق استراتجيات خاصة
- العمل على تطوير وتطبيق مبدأ الشفافية في عمل المؤسسات
- تشجيع والترويج للعمل التطوعي من خلال زيادة الوعي بأهمية ودور العمل التطوعي في بناء المجتمع المدني.
- تعزيز وتطوير دور المؤسسات الأهلية والقطاعات الأخرى من خلال:-
* تطوير إطار التنسيق ما بين المؤسسات الأهلية وزيادة كفاءتها.
* زيادة التنسيق والتعاون بين المؤسسات الأهلية مع كل من السلطة والقطاع الخاص.
* العمل على إيجاد قواسم مشتركة تعزز العلاقة ما بين القطاعات الثلاث.
- زيادة مصادر التمويل للمؤسسات الأهلية من خلال:-
* تنظيم وتطوير علاقات متينة مع الممولين.
* تصميم مشاريع للمؤسسات من اجل تحقيق أهدافها
* إرشاد المؤسسات في كيفية كتابة المقدمات للمشاريع وكيفية تمويلها.
* تطوير آلية الاعتماد على الذات من خلال خلق نظام تعرفة لتغطية النفقات.
* تأسيس صندوق من اجل تمويل النشاطات التي تسهم في خلق المجتمع المدني.
- تعزيز استقلالية المجتمع المدني الفلسطيني من خلال:-
* تطبيق قانون المؤسسات الأهلية الفلسطينية.
* تأسيس نظاما للعلاقات ما بين المؤسسات الأهلية الفلسطينية.
* الوقوف أمام الاحتلال في التأثير على مدنية المجتمع الفلسطيني.
* زيادة الوعي لأهمية دور المؤسسات الأهلية في مرحلة التنمية المستدامة.
* تعزيز علاقات المؤسسات الأهلية وانفتاحها على بعضها البعض وفق أسس الشراكة.